Los Molinos tiene presencia en las vías de comunicación desde muy antiguo.
Con toda probabilidad la calzada romana que atraviesa el puerto de la Fuenfría pasaba por el lugar donde se establecieron sus primeros pobladores. en la Edad Media transitaba por estas tierras un ramal de la Cañada de la Mesta correspondiente al sistema segoviano, que coronaba la sierra por el Pasadero de las Merinas y que era utilizado por los ganaderos trashumantes.
Fue en el siglo XIII cuando se produjo un asentamiento estable, siendo sus pobladores ganaderos en su mayoría.
Los Molinos formó parte del territorio llamado El Real de Manzanares, hasta que en el año 1667 la reina Mariana de Austria le concedió el título de villazgo.